昭和14年（1939年）、後鳥羽天皇の崩御700年に合わせて建てられました。

隠岐造りと呼ばれる建築様式で、銅板葺きの本殿・祝詞舎・拝殿・祭器庫・宝物殿・神門回廊・社務所　などからなる。神社内は桜の名所としても知られ４月上旬はたくさんの花見のお客様が訪れます。

また、夜には予約制の隠岐神社まいりを開催しており、昼間とは違った隠岐神社を楽しむことができます。（※2名以上催行）

隣接に海士町後鳥羽院資料館があります。